Οι πρώτες περιορισμένες ανασκαφικές έρευνες ξεκίνησαν το 1831 από γαλλική αποστολή. Η Ελληνική Αρχαιολογική Εταιρεία άρχισε την ανασκαφή των κυριότερων δημόσιων οικοδομημάτων της αγοράς το 1895 με τον Θεμιστοκλή Σοφούλη. Tο 1986 η Αρχαιολογική Εταιρεία ανέθεσε στον καθηγητή Πέτρο Θέμελη τη διεύθυνση των ανασκαφών της αρχαίας Mεσσήνης.
Oι ανασκαφικές έρευνες έχουν φέρει στο φως όλα τα δημόσια και ιερά οικοδομήματα της πόλης που είδε και περιέγραψε ο Παυσανίας στη Mεσσήνη, όταν την επισκέφθηκε στα χρόνια του αυτοκράτορα Aντωνίνου Πίου (155-160 μ.X).
Οι κυριότερες θέσεις και μνημεία που έχουν αποκαλυφθεί είναι:
• Ασκληπιείο Θέατρο. Αυτό υπήρχε από την ελληνιστική εποχή, ανακατασκευάστηκε στα χρόνια των αυτοκρατόρων Αυγούστου και Τιβερίου και στα μέσα του 2ου μΧ αι. αλλά άρχισε να καταστρέφεται από τα τέλη του 3ου - αρχές 4ου μΧ αιώνος. Από τις πέτρες του θεάτρου κατά τους πρώτους χριστιανικούς χρόνους κτίστηκαν σπίτια και μία από τις τρεις Βασιλικές που βρίσκεται σε μικρή απόσταση, ΝΑ του θεάτρου.
• Στάδιο και Γυμνάσιο.
• Ρωμαϊκή έπαυλη των ύστερων ρωμαϊκών χρόνων.
• Ιερό Ίσιδος και Σαράπιδος, που μνημονεύεται και από τον Παυσανία (4.32.6)
• Πρωτοβυζαντινή Βασιλική
• Δυτική πλευρά της Αγοράς
• Ιερό Διός Σωτήρος. Η λατρεία του Διός ήταν από τις σημαντικότερες της πόλης μετά τη λατρεία του πολιούχου Ιθωμάτα. Αναφέρεται επίσης από τον Παυσανία.
• Ιερό ήρωος, πιθανώς του Αριστομένη, στο Γυμνάσιο της Μεσσήνης.
• Κρήνη Αρσινόη
• Ένα μικρό διώροφο μουσείο στις δυτικές παρυφές του χωριού Mαυρομάτι, στεγάζει τα ευρήματα. Στον όροφο περιλαμβάνει τρεις αίθουσες έκθεσης και εξώστη, ενώ στο ισόγειο βρίσκονται οι αποθηκευτικοί χώροι.